1.“分子对接技术”之使用AutoDock进行半柔性对接教程

“分子对接技术”之使用AutoDock进行半柔性对接教程

       Autodock是氢源氢源一款主要应用于执行配体—蛋白分子对接的开源软件，由Scripps研究所的码最Olson实验室开发与维护。最新版本为AutoDock 4.2.6，新版包括AutoDock和AutoGrid两个模块。评测七色光金钻指标公式源码软件包及工具的氢源氢源下载地址为autodock.scripps.edu/do...，支持Linux、码最Mac OS和Windows系统以及源代码。新版AutoDockTools是评测AutoDock对接的可视化程序，最新版本为MGLTools1.5.6，氢源氢源下载地址为mgltools.scripps.edu/do...。码最

       对于使用AutoDock进行半柔性对接，新版绿码系统源码以蛋白6PL1的评测晶体结构作为受体，晶体结构由PDB网站下载，氢源氢源以其原配体OOJ为分子对接的码最配体，具体操作如下：

       1. 设置工作目录及工作环境：新建一个文件夹作为工作目录，新版确保路径为英文，阿里sopfix源码解析将软件包及下载文件拷贝到此文件夹。

       2. 准备受体：使用pymol、VMD、Schrodinger、DS等软件导入并处理蛋白晶体结构，阿里云arduino源码加氢、计算电荷，保存为6pl1_model1.pdbqt格式。

       3. 准备配体：同样使用上述软件处理配体小分子，确保氢原子、赤沙龙城源码电荷及Root的添加，保存为Lig.pdbqt格式。

       4. 进行Autogrid，生成受体网格：导入受体与配体，设置对接的盒子大小、坐标、格点数、隔点距离，生成protein_ligand.gpf网格文件。

       5. 进行分子对接：设置对接受体与对接配体，选择拉马克遗传算法作为对接算法，保存为protein_ligand.dpf文件。

       6. 查看对接结果：加载对接结果，分析分子构象，如聚类、构象叠合等信息。

       以上步骤详细介绍了使用AutoDock进行半柔性对接的整个过程，具体操作可以根据软件界面提示进行。