1.如何在MacBook上安装gromacs
2.LAMMPS简介
3.GROMACSGROMACS安装流程
4.ParaView 源码编译教程
5.5 流水线模式
6.SS528V100 22AP30Hi3531DV200开发注意事项

如何在MacBook上安装gromacs

       MacBook上gromacs安装流程：

       (1) 解压缩fftw，lam-mpi，gromacs源码

       tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz

       tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz

       tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz

       (2) 编译lam-mpi

       cd lam-7.1.3 ./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"

       make

       make install

       æ³¨ï¼š--without-fc是不编译mpif，可以去掉

       (3) 添加mpi环境变量

       export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin ( append to .bashrc)

       (4) 编译fftw单双精度版

       cd fftw-3.1.2

       ./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2

       make

       make install

       make distclean

       ./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2

       (3) 设置fftw环境变量

       export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include

       export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib

       (4) 编译gromacs

       cd gromacs-3.3.1

       ./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi

       make

       make install

       make distclean

       ./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --program-suffix=_d --enable-mpi --disable-float

       (5) 设置gromacs环境变量

       export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin ( append to .bashrc)

       (6) 编译gromacs源包里的其它文件（可选）

       make contrib

LAMMPS简介

       LAMMPS，即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，被广泛应用于分子动力学相关计算与模拟。其功能涵盖从气态、液态到固态，以及不同系统组态下的javashop 6源码百万级原子分子体系。LAMMPS由美国Sandia国家实验室开发，并以GPL许可发布，这意味着用户可以自由获取并根据需要修改源代码。该软件具备良好的并行扩展性，支持分布式内存MPI，并通过空间分解模拟领域实现并行计算。LAMMPS以C++编写，兼容MPI和单处理器FFT等可选库，便于用户扩展新特性和功能。

       LAMMPS运行基于输入脚本，提供定义和使用变量、公式以及循环控制的语法，允许用户从一个脚本中同时运行一个或多个模拟（并行）。其支持广泛的应用场景，包括但不限于材料科学、化学、生物学等领域的研究，为用户提供了一种高效、相册diy源码灵活的计算模拟工具。

       作为一个开源软件，LAMMPS不仅提供了强大的计算能力，还具有高度的可扩展性和灵活性，使得科研人员能够根据具体需求进行定制化开发。在多个科学领域中，LAMMPS成为分子动力学模拟的首选工具之一，为科学家提供了深入理解复杂系统行为的有力工具。

GROMACSGROMACS安装流程

       本文详细介绍了GROMACS的安装流程，包括解压缩源码包、编译特定组件以及设置环境变量等步骤。以下是安装GROMACS的详细步骤：

       1. 解压缩fftw，lam-mpi和gromacs源码包：

       解压缩fftw源码包：使用命令`tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz`执行解压操作。

       解压缩gromacs源码包：使用命令`tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz`进行解压。

       解压缩lam-mpi源码包：使用命令`tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz`完成解压。

       2. 编译lam-mpi：

       切换到lam-7.1.3目录：使用`cd lam-7.1.3`进行切换。

       配置编译选项：执行`./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"`，注意可以省去`--without-fc`以编译mpif。

       编译和安装：运行`make`进行编译，随后使用`make install`进行安装。

       3. 设置MPI环境变量：

       添加路径变量：在`.bashrc`文件中追加`export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin`。

       4. 编译fftw的单双精度版本：

       切换到fftw-3.1.2目录：使用`cd fftw-3.1.2`进行切换。

       配置编译选项：执行`./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2`进行配置。Spring源码课程

       编译并安装：运行`make`进行编译，之后使用`make install`进行安装，最后执行`make distclean`清理编译残留。

       编译fftw的单精度版本：执行`./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2`进行配置。

       5. 设置fftw环境变量：

       设置编译器参数：执行`export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include`和`export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib`。

       6. 编译gromacs：

       切换到gromacs-3.3.1目录：使用`cd gromacs-3.3.1`进行切换。

       配置编译选项：执行`./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi`进行配置。

       编译并安装：运行`make`进行编译，之后使用`make install`进行安装，最后执行`make distclean`清理编译残留。

       7. 设置gromacs环境变量：

       添加路径变量：在`.bashrc`文件中追加`export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin`。

       8. 附加步骤：编译gromacs源包中的其他文件（可选）：执行`make contrib`进行编译。

       更新：对于gromacs-4.0、fftw-3.2.1和lam7.1.4，安装流程与上述方法完全相同，只需更换相应的目录即可。

扩展资料

       GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.[1]

ParaView 源码编译教程

       ParaView-5..0的源码在年月日，由作者陌尘分享了一个Windows H2平台下的编译教程，使用了Visual Studio 、CMake 3..1 x版本，以及Qt 5..、Python 3..8和Microsoft MPI v.1.2作为依赖。请注意，串口监听 源码编译过程和环境设置可能需要根据个人的设备和需求进行调整，参考链接为Building ParaView。

       步骤1：首先，确保从ParaView官网下载最新源码，GitHub上的版本可能缺少VTK模块，因此直接从官方获取是必要的。

       步骤2：接着，进行CMake配置，这是编译过程的关键步骤，通过CMake工具将源代码与编译器和依赖项连接起来，生成可编译的项目文件。

       步骤3：配置完毕后，使用Visual Studio 打开生成的项目文件，开始VS编译过程。确保所有依赖项已经正确安装并配置，然后启动编译，生成ParaView的可执行文件。

5 流水线模式

       流水线模式旨在通过并行操作多个硬件资源来提高计算性能，类似于指令流水线。这种模式在处理器的多个流水线单元上并行执行无依赖的指令，从而实现高性能。超标量和VLIW处理器通常配备多个执行单元，这些单元可以执行并行或流水线指令。源码来电秀

       指令流水线优化需要深入了解处理器延迟、吞吐量和编译器能力，因此操作较为复杂。通常，C语言不适用于此类优化，而汇编语言则能提供精确控制。指令流水线优化常应用于对性能要求高的场景，如矩阵乘法。

       优化方法之一是修改源代码，以便编译器生成所需指令序列，然后基于生成的汇编代码进行调整。重点是去除指令间的依赖，例如，优化循环展开代码，使循环内语句并行执行。通过修改代码，如代码清单1-1到1-2所示，可以显著提升性能。

       在使用汇编语言进行指令级并行优化时，建议先尝试内置函数生成所需代码，若不成功，则基于现有代码进行修改以实现目标。

       流水线模式不仅针对指令流水线，还抽象和提升了并行操作的层次，适用于多种计算场景。在集群计算中，流水线模式结合异步通信能有效隐藏通信延迟。在单个节点上，通过异步IO可以同时进行计算和I/O操作，从而掩盖延迟。在单个核心中，合理安排访问顺序和依赖，以充分利用多通道内存带宽。

       对于串行代码，如代码清单1-3所示的示例，通过异步IO实现流水线模式，可以同时执行多个操作，如加载数据和计算。关键在于识别并消除操作间的伪依赖，如代码清单1-4所示。C++线程也支持类似异步操作，通过并发执行computeSqureSum函数，实现性能提升。在CUDA中，内核执行的异步特性允许设计不依赖异步IO的流水线模式。

       对于MPI实现，通过异步通信隐藏通信延迟，但可能面临负载不平衡问题。流水线模式常见问题包括难以流水、访存与计算时间差异过大以及资源竞争。复杂流水线构建虽挑战大，但并非不可克服。通过CUDA流，可以实现CPU、GPU和PCIe同时运算，利用流水线模式加速计算，如代码清单1-9至1-所示。

SSV APHiDV开发注意事项

       一、在反复开关视频采集编码程序一定次数后，mpp会全局初始化失败，只能重启开发板才能恢复。初步排查有可能是VB设置cfg失败，尝试在启动编码程序时，调用hi_mpi_sys_exit()和mpi_vb_exit(),再调用想要的init()，但是出问题的时候，仍旧是恢复不了；

       解答思路：这种大概率是程序获取了vb没释放导致的，处理方式有两种：1.排查程序资源释放，在调用hi_mpi_sys_exit()和mpi_vb_exit()确保所有vb正确释放；2.开启强制销毁vb，这么做有一定的风险，建议优先按方式1处理；

       二、SSV 光电冗余备份，光口不自识别千兆

       **问题描述**使用RTLF网卡芯片，作为光电冗余备份，光口仅能识别到Mbps，需要使用ethtool工具设置后方可识别到1Gbps，电口正常；请问如何设置能使光口主动识别到千兆？所处环境：室内，SFP-GE-LX-SM千兆单模光模块，RTLF网卡芯片

       解答思路：用ethtol工具强制千兆；

       三、ss 系统启动后，第一次执行sample_audio 录音失败

       问题描述：1、系统启动（上电启动或reboot重启）后，第一次执行sample_audio录音失败。2、之后再次执行就正常了。所处环境：ubuntu . lts server

       解答思路：主从模式改一下。

       四、ssv uboot 不需要压缩，怎么去除

       问题描述：ssv uboot 启动慢，该怎么去除压缩？所处环境：ubuntu . lts server

       解决思路：要去除SSV U-Boot的压缩，你可以按照以下步骤进行操作：1、在Ubuntu . LTS Server上安装所需的工具链。你可以使用以下命令安装：sudo apt-get update sudo apt-get install build-essential；2、下载SSV U-Boot源代码。你可以从相关网站或官方渠道获取源代码，并将其解压到一个目录中；3、进入U-Boot源代码目录，并打开include/configs/your_board.h文件（其中your_board.h是你的开发板配置文件）。找到并注释掉以下两行代码（如果存在）：#define CONFIG_SYS_BOOTM_LEN ( << ) #define CONFIG_SYS_MALLOC_LEN ( * * )；4、打开include/config_defaults.h文件，并找到以下行：#define CONFIG_SYS_TEXT_BASE 0x。将该行修改为：#define CONFIG_SYS_TEXT_BASE 0x；5、进入U-Boot源代码目录，并执行以下命令编译U-Boot：make your_board_defconfig make；6、编译完成后，在输出目录中找到生成的u-boot.bin文件。7、将生成的u-boot.bin文件刷写至你的SSV开发板中。这样，你就成功去除了SSV U-Boot的压缩，从而提高了启动速度。请确保在进行任何修改之前备份好相关文件，以防止意外情况发生。

       解决思路2：使用预编译的uboot镜像；更新最新版SDK，E

       五、SS（HiD）编解码，图形层和视频层都绑定在同一设备层上的话，可以叠加显示吗？

       问题描述：实际场景需求：图形层做的是交互，视频层做的是拉流显示，要叠加显示

       解决思路：一般是用colorkey的方式让图形层透明让视频层显示出来。设置的是hifb的参数，只要把lvgl的背景色设置为colorkey的值就可以透明了

       六、用ffmpeg拉多个视频流的话，是不是一个流开一个vdec通道？解决思路：当使用FFmpeg来提取多个视频流时，通常会为每个视频流打开一个独立的视频解码器（vdec）通道。每个视频流都会被视为一个独立的输入，并通过相应的解码器进行解码。先从flv取出h拿去解码，再使用，不能直接使用。